Aiemmin C-hepatiitin hoitona on käytetty elimistön yleistä puolustusta vahvistavaa interferonihoitoa, jossa interferoni pistetään sairaalassa kerran viikossa ja lisäksi käytetään päivittäin suun kautta otettavaa tablettilääkitystä. Interferonihoidolla on lukuisia sivuvaikutuksia: uupumusta, kuumetta, särkyjä, viluntunnetta, nivelkipuja, päänsärkyä, iho-oireita, masennusta, anemiaa, kilpirauhasen vajaatoimintaa, unettomuutta, hengenahdistusta, suun kuivumista, keskittymisvaikeuksia ja pahoinvointia. Sivuvaikutusten kehittyminen on yksilöllistä, eikä kaikille tule hankalia sivuvaikutuksia. Sivuvaikutuksen loppuvat hoidon päätyttyä. Noin joka kymmenes joutuu kuitenkin lopettamaan interferonihoidon sivuvaikutusten vuoksi. Interferonihoito vaatii viikoittaisten lääkepistosten lisäksi säännöllistä verikokeiden seurantaa.
C-hepatiittia hoidetaan nykyään interferonin sijasta virusta vastaan kehitetyillä tablettilääkkeillä. Lääkehoitoa voidaan käyttää sekä akuutin että kroonisen C-hepatiitin hoidossa. Pitkäaikainen hoitovaste on jopa 90 % uusilla viruslääkkeillä viruksen genotyypistä riippuen.
Tablettilääkityksen sivuvaikutukset ovat vähäisiä, ja hoidon aikana tarvitaan vähemmän verikokeiden seurantaa. Tavallisin tablettilääkkeiden haitta on tilapäinen väsymys. Eri virustyypeille on eri lääkkeet, ja hoito valitaan yksilöllisesti virustyypin mukaan. Joskus hoitoon voidaan joutua yhdistämään myös muita tablettina annosteltavia lääkkeitä. Tartuntatautilain perusteella hoidettava saa kroonisen C-hepatiitti-infektionsa hoitoon tarkoitetut lääkkeet ilmaiseksi.